Como em todas as organizações do terceiro setor, a Federação Nacional das Apaes tem como um dos seus principais nós críticos a serem resolvidos, a questão da sua sustentabilidade institucional. Suas principais fontes de recursos são: as mensalidades pagas por suas filiadas, a realização de campanhas institucionais de captação de recursos e convênios com organismos nacionais e internacionais. Suas principais despesas consistem no pagamento de pessoal qualificado para melhoria do atendimento as suas filiadas; na realização de três grandes eventos nacionais (Olimpíada Nacional, Festival Nacional Nossa Arte e Congresso Nacional); na realização de cursos com o objetivo de qualificar a Rede Apae e nos seus custos fixos de manutenção.

 A Fenapaes, com base nesse diagnóstico, vem buscando por meio de ações operacionais como: a reestruturação de suas campanhas de captação de recursos; a implantação de ações de redução da inadimplência das suas filiadas; a redução dos seus custos de manutenção e a eliminação de desperdício, atingir essa sustentabilidade. Também vem implantando algumas ações estratégicas de apoio a essa política como, por exemplo: a adoção da transparência de contas e de ações, com destaque para a contratação de uma auditoria externa e implantação da modalidade de licitação de pregão eletrônico. E por fim, vem trabalhando com um planejamento estratégico financeiro e análise de fluxo de caixa semanal.